Thế rồi đến ngày 30 tháng 9 năm 1660, Mary Henrietta trở về Anh sau hơn 10 năm xa cách, nơi mà bà nhận được sự đón chào kịch liệt. Trước khi đến được London, bà phát hiện Vua Charles II đã chấp nhận hôn nhân giữa em trai bà, James, Công tước xứ York với Anne Hyde - người từng là Thị tùng cho bà. Bên cạnh đó, Anne Hyde vì là em dâu với Mary Henrietta, nên địa vị đã có thể bằng vai bằng vế, và điều này khiến bà cảm thấy không được vui. Kế hoạch đến London của bà ngay lúc đó tạm hoãn, sự hứng thú thăm quê nhà của bà đã giảm. Khi đến London, bà chủ ý trú tại Nhà nguyện Whitehall, nơi mà bà nhận hầu hết sự chào đón và quan tâm nhiệt liệt của công chúng Anh cũng như Nghị viện Anh. Tại đây, ngày 7 tháng 11, bà cũng nhận yêu cầu phải trả số hồi môn được hứa trước khi cưới, và anh trai bà là Vua Charles II đã phải ủy nhiệm người để giải quyết.

Ngày 20 tháng 12 cùng năm ấy, triều đình Anh khuấy động khi nghe tin Thái phi xứ Orange, Mary Henrietta, đã mắc bệnh đậu mùa và trong thời gian nguy kịch. Mẹ của bà, Henrietta Maria đã đến bên giường bệnh của con gái, cố gắng khuyên nhủ con gái cải theo Công giáo, nhưng bà đã nhất quyết từ chối. Sau đó, Henrietta Maria khăng khăng các bác sĩ Pháp đã trị bệnh cho con gái mình không đúng cách[15]. Đến ngày 24 tháng 12, Mary Henrietta kết di chúc và chết ngay sau đó, thọ 29 tuổi. Trong di chúc, bà yêu cầu được chôn bên cạnh em trai, Henry Gloucester, người cũng chết vì đậu mùa vào tháng 9 cùng năm. Bà được an táng trong Tu viện Westminster.

Trong di chúc của mình, Mary Henrietta cũng nhờ anh trai Charles II chăm sóc cho đứa con trai chỉ mới 10 tuổi của mình, William, lúc này đã được bà nội là Thái phi Amalia bảo hộ. Năm 1672, William, sau nhiều năm chạm trán với chính quyền Cộng hòa Hà Lan, cuối cùng đã tuyên cáo được quyền sở hữu chức tước từ ông và cha mình để lại. Sau đó 5 năm, William cưới em họ, Mary Stuart, con gái của James II và Anne Hyde. Và cuối cùng vào năm 1688, với sự giúp đỡ của người Kháng cách Anh, William lật đổ cha chồng trong Cách mạng Vinh quang, rồi sau đó đã cùng vợ mình là Mary trở thành Đồng quân vương của Anh, Scotland và Ireland.